| kirjeldus: |
Elusorganismide normaalseks tööks on vajalik et geeniproduktid avalduksid ainult neis kudedes ja rakkudes kus neid on vaja ning ainult neil ajahetkedel mil neid on vaja vastavalt bioloogilistele protsessidele või väliskeskkonna mõjudele. Selle saavutamiseks peab geenide regulatsioon toimuma täpselt ning robustselt. Seepärast on ka väga oluline et meil tuleb paremini mõista kõiki geenide regulatsiooni aspekte suures skaalas kogu genoomi ulatuses. Käesolevas projektis on kavas 1) arendada välja andmebaas nii eksperimentaalselt tõestatud kui ka bioinformaatika meetoditega ennustatud geenide regulatsiooni aspekte valgustava informatsiooni talletamiseks ja analüüsiks, ning 2) arendada välja uudseid arvutuslikke meetode geenide regulatsiooni aspektide uurimiseks (in silico). Sellise andmebaasi loomine võimaldab edasi arendada uusi analüüsimeetodeid transkriptsioonifaktorite ning nende seondumissaitide kohta individuaalselt kui ka kombinatsioonis, geeniregulatsiooni moodulite kohta (millised geenid on mis tingimustes omavahel sarnaselt reguleeritud), ning veel üldisemalt geeniregulatsiooni võrgustike ning nende võrgustike omaduste kohta (kõikide trenskriptsioonifaktorite ning nende poolt reguleeritud geenide võrgud ehk graafid). Peale esmast andmebaasi loomist sooritame erinevaid arvutuslikke eksperimente geeniregulatsiooni mehhanimide ennustamiseks ning talletame saadud informatsiooni andmebaasi. Andmebaasi arendame edasi selliselt et uudseid analüüsitulemusi (ning ka varasemat infot) saaks efektiivselt võrrelda muu andmebaasis sisalduva teabega - nii eksperimentaalselt tõestatud kui ka ennustatud informatsiooniga. Projekti käigus loodud analüüsi-, võrdluse- ja visualiseerimise meetodid lisatakse olemasolevasse funktsionaalse genoomika tarbeks tehtud andmekaevandust (Dat Mining) võimaldavasse tarkvarapaketti Expression Profiler ning tehakse kättesaadavaks kõikidele teadlastele Eestis ja mujal. Projekti käigus kogutud uue informatsiooni teeme kättesaadavaks muu hulgas Euroopa Bioinformaatika Instituudi (EMBL-EBI) kodulehekülgedel (http://ep.ebi.ac.uk/) kustkaudu nende levik teadusmaailma on kõige efektiivsem. Samuti pakub koostöö EBI-ga võimalust kasutada suuremaid ja kiiremaid arvutiressursse. |