| kirjeldus: |
Käesoleva projekti eesmärk on konserveerunud funktsionaalsete järjestuste identifitseerimine inimese ja teiste imetajate genoomidest. Selliste järjestuste identifitseerimine aitab leida lisaks tavalistele geenidele ka RNA geene, promootoreid, transkriptsioonifaktorite seondumissaite ja muid regulaatorjärjestusi. Eesmärgi võimalikult korrektseks saavutamiseks testitakse ja võrreldakse olemasolevaid arvutusmeetodeid ning täiendatakse neid. Konserveerunud funktsionaalsete alade leidmine uuritavates genoomides toimub kolmes etapis: sünteeniliste piirkondade joondamine, evolutsiooniliselt konserveerunud piirkondade määramine ja funktsionaalsete järjestuste identifitseerimine. Peamine rõhk on sünteeniliste alade korrektsel ja automaatsel leidmisel imetajate genoomide vahel kasutades ortoloogseid valke "ankrutena". Leitud konserveerunud järjestused viiakse andmebaasi ja seotakse visualiseerimiseks UCSC genoomiandmete brauseriga, et lihtsustada teistel teadlastel andmete kasutamist. Meetodeid kontrollitakse esialgu 3-4 hästi uuritud genoomi piirkonnas, kus on võimalik kasutada eksperimentaalselt verifitseeritud positiivseid kontrolle. Seejärel proovitakse arvutusmeetodeid efektiivsemaks muutes ja paralleliseerides rakendada uuritud meetodeid kogu genoomi uurimiseks.
|