| teema: | Retroposoonide efekt inimese geenide epigeneetilisele regulatsioonile |
|---|---|
| tunnusnumber: | ETF5171 |
| projekti tüüp: | Eesti Teadusfondi grant |
| erialad: |
1.6. Füüsikaline, analüütiline ja anorgaaniline keemia |
| seisund: | lõppenud |
| asutus: | Tallinna Tehnikaülikool |
| projekti juht: | Mart Speek |
| kestus: | 01.01.2002 - 31.12.2005 |
| kirjeldus: | Käesoleva töö eesmärgiks on meie laboris avastatud inimese L1 antisens promootori (ASP) rolli uurimine tsellulaarsete geenide ebatavalises transkriptsioonis kasutades järgnevaid eksperimentaalseid ja "in silico" lähenemisi: (1) Transkriptsioonilised uuringud hõlmavad L1Hs ASP (regioon 400-600 nt), sens promootori (SP) ja enhaanser elemendi (EE) karakteriseerimist kasutades L1Hs ASP/SP/EE deletsiooni ja mutatsiooni konstrukte kloneerituna reporter plasmiidi, DNaasi "footprinte" in vitro ja in vivo, oligonukleotiidide liikuvusnihkeid, transkriptsiooni initsiatsiooni saitide määramist praimeri ekstensiooni ja RNaasi protektsiooni abil ning transkriptsiooni faktorite identifitseerimist. (2) Potentsiaalse geeni otsing, mille promootori haaras L1Hs retrotransposoon endale evolutsiooni käigus (graafiline Wu-BLAST2, Geeni Avastamine). Üksikute L1Hs promootorite arvu ja asukoha määramine. Inimese geenide ebatavalises transkriptsioonis osalevate B2 SINE, endogeensete retroviiruste ja teiste retroposoonide määramine (EST andmepanga analüüs). Arvuti abil saadud ennustused verifitseeritakse eksperimentaalselt standartsete molekulaarbioloogiliste meetodite abil. (3) Transkriptsioonilist interferentsi (promootori oklusiooni) L1Hs ASP ja SP vahel ja transkriptsioonilist terminatsiooni uuritakse kasutades promootori konstrukte kloneerituna kahe reportergeeniga plasmiidi. (4) Transgeensete hiirte genereerimine ja nende analüüs. Need hiired ekspresseerivad L1Hs ASP poolt reguleeritavaid inimese geene andes kimäärseid transkripte. See uuring on mõeldud näitamaks L1Hs ASP indutseeritud rolli inimese/hiire geenide transkriptsioonilises interferentsis või posttranskriptsioonilises geenide vaigistamises (PTGS). (5) Translatsioonilised uuringud on suunatud kimäärsete L1-tsellulaarsete mRNAde in vivo translatsioonilise potentsiaali hindamiseks. Antud töö käigus määratakse L1Hs ASP-indutseeritud transkriptsioonilise interferentsi, promootori insulatsiooni, PTGS (epigeneetilise regulatsiooni) ja kimäärsete L1 transkriptide translatsiooni tähtsus inimese geenide/mRNAde ekspressioonis. |
| projektiga seotud isikud | ||||
|---|---|---|---|---|
| nr | nimi | asutus | amet | |
| 1. | Mart Speek | TTÜ Geenitehnoloogia Keskus | vanemteadur | |