| kirjeldus: |
Kavandatavas projektis uurime füsioloogilisi kontrollmehhanisme, mis mõjutavad pheBA operoni sisaldavas bakteris P. putida fenooli ja bensoaadi lagundamise efektiivsust bakterite erinevates kasvukeskkondades. Fenooli lagundamist kodeerivate geenide transkriptsiooni aktiveerib CatR induktormolekuli CCM juuresolekul, kuid see transkriptsioon on pärsitud, kui bakterite kasvukeskkonnas on rikkalikult toitaineid (näit. aminohappeid). Kavatseme uurida, milliste molekulaarsete mehhanismide kaudu toimub CatR-i poolt aktiveeritavatelt promootoritelt transkriptsiooni vaigistamine, kui bakterite kasvukeskkonda on lisatud aminohappeid. Selgitame välja, kas transkriptsiooni vaigistamine võiks toimuda läbi repressorvalgu seondumise CatR-i poolt aktiveeritavatele promootoritele. Uurime ka bensoaadi lagundamise ja transpordiga seotud ben operoni transkriptsiooni bakterite erinevatel kasvutingimustel. Selleks isoleerime ben geenide promootori ning viime luxAB ning lacZ reportersüsteemide ette. Uurime bakterite kasvukeskkonna koostise mõju ja erinevate sigma faktorite mõju promootorilt lähtuvale transkriptsiooni aktivatsioonile, mõõtes rakkudest vastavalt kas lutsiferaasi (ekspontsiaalselt kasvavates rakkudes) või beeta-galaktosidaasi (statsionaarse faasi rakkudes) aktiivsusi. Seni pole fenooli ja bensoaadi rakkupääsemist rakku mullabakterite puhul veel uuritud. Seetõttu kavatseme uurida oletatava BenKEF transportsüsteemi võimalikku rolli bensoaadi ja fenooli rakkutoomisel P. putida rakkudes. Esmalt kavatseme me konstrueerida geenikatkestusmutandid, mis on selle transportsüsteemi suhtes defektsed. Võrdleme algse P. putida tüve ja tema benKEF mutandi kasvukiirusi fenoolil ja bensoaadil. Samuti uurime nende substraatide rakkupääsemist tingimustes, kus algse tüve ja mutandi kasvukeskkonda on lisatud radioaktiivselt märgistatud [14C]bensoaat või [14C]fenool. Uurimistulemused võiksid olla aluseks mikroobitüvede isoleerimisel, mis suudavad keskkonda kontamineerivatel aladel fenoole efektiivselt lagundada ka siis, kui nende kasvukeskkonnas on lisaks fenoolile ka teisi substraate. |